昭和40年以降、天皇陛下利用のための御召列車が新幹線でも走行した。ただし専用の編成は用意せず、営業用車両に多少の手を加えて運行された。天皇陛下は１等車を利用、１等車の座席の１つを外して机を置いた。第１回目は昭和40年５月７日の島根県植樹祭の時で、３〜６号車のない８両編成で運行された。外観には８両であること以外何ら変化はなかった。
昭和41年以降は、警備の都合上、識別のためにスカートに白いＶの字状のマークがなされた。12両編成だが、１等車は異なる位置に連結され、２等車の６〜12号車は一般客も乗車出来た。
昭和47年以降は前灯付近に青帯を巻くことで識別した。就任したばかりの新車が充てられることが多かった。減車がない時が続いたが、後年再び８両編成になった。０系による御召列車は昭和59年まで運転され、昭和60年以降は１００系が使われることとなった。１００系には何ら装飾がなされないのは無線が普及したためである。なお、天皇陛下等皇族の利用には、３００・７００系が主流となってしばらくの間も１００系が使われていた。個室があるのと、２階建てグリーン車の方が警備上都合が良いとの理由からだそうだ。だが最近ではさすがに７００系のグリーン車を使うようになってきた。
また、編成にはＶＩＰ編成とそうでない編成の２種類がある。これは１等車（グリーン車）のガラスや壁面が防弾仕様になっているかいないかの違いであり、区分されている。編成番号だけでは分からない。
なお、黄色い新幹線（ドクターイエロー）をＶＩＰ専用車と誤解する向きもあるが、それは電器設備や軌道の状態を測定する「試験車」であり、ＶＩＰ用ではない。新幹線にはＶＩＰ専用車は存在しない。
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