開業当初は全席指定だったが、昭和39年の年末年始には早くも「こだま」に臨時に自由席を設けた。当時の自由席は列車指定（号車は自由席車両であれば任意）だった。自由席は昭和40年３月から制定され、５月からは通年となり、１等車も１両が自由席となった。当時は２等車の１〜６号車、１等車の７号車が自由席となった。自由席券は定員の１４０％まで発売した。
昭和40年10月には列車指定制を廃止、列車が任意に選べるようになった。「こだま」の１等車１両化後は、１等車は半室が、２等車の１〜７号車が自由席となった。また「ひかり」については、昭和40年以降立席特急券を発売した。これは満席の場合、列車を指定して一定枚数を発売するもので、自由席とは制度が異なる。今なおこの制度は残されており、主に夜行列車の朝利用時、更に平成12年７月からも「のぞみ」に制定された。「のぞみ」の場合は立つデッキが指定され、客室内には原則として入ることが出来ず、もし空席があった場合、座るには差額が必要となる。
万博輸送時には京都〜新大阪間は「ひかり」「こだま」とも自由席として乗車出来る乗車券を発売した。在来線の大阪駅の収容能力の関係で、新幹線が在来線の代わりを務めることになったからである。またその頃「こだま」のグリーン車が再び全席指定となった。
「ひかり」も昭和47年３月の岡山開業時には自由席が設けられた。当初は１〜４号車、後に１〜５号車となり、今でも続いているが、一部に１〜７号車自由席の「ひかり」もある。
「こだま」は自由席の割合が高くなった。一時、「ひかり」の自由席と分散させるために、自由席が16号車側となっていたが、昭和55年からは乗り継ぎのことを考えて１号車側に統一された。
「こだま」の12両化の際は普通車指定席は３両まで減少していた。そして更に２両（９・10号車）が指定席となった。再16両化の際は９〜12号車が指定席となった。６両編成の場合は博多〜小倉間は全車自由席、山陽区間は大多数が４号車のみ指定席となった。４両編成では４号車が指定席となっている。
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