初期:1〜13次、過渡期:14,15次、後期:16〜21次・22〜29次
万が一の脱出用として、２等車、１等車の車体中央下部（山、海側両方）に非常口が設けられた。これは単に非常時の脱出用のみならず、異常時の換気も想定された。この部分の壁付けテーブルは折り畳み式となっていて少々小さい。非常口は二重に封印されているが、これを開けると同時に警報音が鳴り響くようになっている。
ただしビュフェ車には取り付けられなかった。ビュフェ車の場合、35形初期車には山側の下り方向に非常口と同じ大きさの蓋が付けられたが、それは電話室につながっており、非常口としての機能があるかどうかは不明。35形の14次車にはその蓋が取り付けられなかった。また、36形食堂車、37形ビュフェ車も同様に非常口は取り付けられなかった。
この非常口は、15次車までは車体に直に付けられた形となっていた。枠線が１本に見える。16次車以降はユニット式に変更、枠線が２本に見え、厳めしい感じとなった。だが、通常使われることがないことから、30次車以降では最初から付けられず、29次車以前の車についても、非常口の機能を廃止した。
だが、その処理の仕方に、ＪＲ東海車とＪＲ西日本車とで違いがある。ＪＲ東海車の場合、半数以上の車両が「埋められ」た。非常口部分は埋めつぶされ、非常口があったかどうか分からないぐらいになった。ＪＲ西日本車の場合、工事を簡略化するためか、ハンドルなどを撤去しただけで、非常口の隙間などは残された。ＪＲ東海車でも、非常口の隙間が最後まで撤去されなかった車も存在する。
この非常口、昭和41年１月、走行中に圧力変動で落ちてしまったことがあった。だが、これは錠のかかりが甘かったことによるもので、すぐに改良された。
「側非常口は山側にのみ存在」と言う誤解が広がっているようである。これはおそらく平成15年９月に学研から刊行された「図説・新幹線全史」の「新幹線０系車両詳細図面集」の51ページの記述が要因であると考えられる。確かに１両全体の図面だけを見ると山側にしかないようにも感じられるのだが、例えば「日車の車両史・０系新幹線電車」の写真を見ても明らかなように、１次車の海側にも非常口が存在するのは明らかである。それとも海側の溝は非常口ではないとでも言うのであろうか。